Hallitus ja valtuusto
MS-liiton hallinnollinen perusta lepää sen luottamuselimissä. Keskeinen päättävä elin on liittohallitus. Hallituksen päätösten täytäntöönpanosta ja liitossa tehtävän työn johtamisesta vastaa toimitusjohtaja. Käytännön työn tukena ja suunnannäyttäjinä toimivat eri yksiköiden johtokunnat ja toimikunnat.
Pari kertaa vuodessa kokoontuvassa liittovaltuustossa on edustus kaikista liiton jäsenyhdistyksistä. Yhdistyksen nimeävät edustajansa myös kerran kolmessa vuodessa kokoontuvaan liittokokoukseen.
Liittohallitus 2012
Puheenjohtaja: Kansanedustaja Ulla-Maj Wideroos, Helsinki
Varapuheenjohtaja: Varatuomari Thomas Huber, Helsinki
Jäsenet
Irma Kemppainen, Turku
Sisustusarkkitehti Eero Keto, Hollola
Neurologian erikoislääkäri, ylilääkäri, LKT Keijo Koivisto, Seinäjoki (neurologijäsen)
Kiinteistöpäällikkö Heikki Lautamäki, Seinäjoki
Seppo Nousiainen, Runni
Anne Beresford, Ylöjärvi
Tekstiilisuunnittelija Pia-Nina Vekka, Hämeenlinna
Pääsihteeri Mirja Winter-Heikkilä, Helsinki
Varajäsenet
1. Jouko Patokoski, Simo
2. Teknikko Timo Virtanen, Jämsänkoski
3. Insinööri Kari Tarvainen, Vaajakoski
4. Maanmittausteknikko Kari Parkkila, Tyrnävä
5. Yrittäjä/Kiinteistönhoitaja Taisto Kainulainen, Imatra
6. Gasmästäre Olav Hedman, Vaasa
7. Hannu Rinne, Pori
Neurologijäsenen varajäsen: Professori Juhani Wikström, Helsinki
Liittovaltuusto 2012–2014
Puheenjohtaja: Osastonhoitaja Helena Eskonmaa, Raisio
Varapuheenjohtaja: Paula Helin, Tervakoski
Jäsenet (Henkilökohtainen varajäsen)
Etelä-Pohjanmaan MS-yhdistys: Timo Forss (Ilpo Hietikko)
Helsingin ja Uudenmaan MS-yhdistys: Juha Maljanen (Jane Tuovinen)
Kaakkois-Suomen MS-yhdistys: Eija Hallikainen (Tea Torikka)
Kainuun MS-yhdistys: Tuula Oinas (Pekka Liimatainen)
Kanta-Hämeen MS-yhdistys: (Seija Kukkonen)
Keski-Karjalan MS-yhdistys: Tarja Suoninen (Päivi Hirvonen)
Keski-Pohjanmaan MS-yhdistys: Arto Lappalainen (Veli-Matti Korpisalo)
Keski-Suomen MS-yhdistys: Rauno Hokkanen (Sanna Turunen)
Kuopion MS-yhdistys: Pekka Kärki (Panu Hiekkala)
Kymenlaakson MS-yhdistys: Petri Kostamoinen (Sirpa Tasanen)
Kymmenen Virran MS-yhdistys: Jouko Juvani (Kari Parkkila)
Lapin MS-yhdistys: Hannele Burtsov (Minna Kuusela)
Lounais-Suomen MS-yhdistys: Lasse Eklund (Maarit Kronlund)
Länsi-Pohjan MS-yhdistys: Helmi Arpiainen (Jarmo Lampela)
Mikkelin MS-yhdistys: Juha Väntönen (Marja Mustonen)
Oulun seudun MS-yhdistys: Jarmo Elsilä (Jari Vasanoja)
Pirkanmaan MS-yhdistys: Kari Lähteenmäki (Eero Helo)
Pohjois-Karjalan MS-yhdistys: Risto Ronkainen (Arja Pappinen)
Porin seudun MS-yhdistys: Pirjo Viljanen (Pirjo Viitanen)
Porvoonseudun MS-yhdistys: Maija Aatelo (Kirsti Ijäs)
Päijät-Hämeen MS-yhdistys: (Jukka Sani)
Rauman Seudun MS-yhdistys: Kirsi Toivola (Heli Granholm)
Suomen Fabry-yhdistys: Heikki Lehtinen (Jouko Meriluoto)
Vaasanseudun MS-yhdistys: Keijo Lehtonen (Katja Falk)

